A csatlakozás időpontja és 2006 vége közötti időszakban az Európai Unió ideiglenes pénzügyi támogatást (a továbbiakban: Átmeneti Támogatás) nyújt az új tagállamoknak a közösségi jogszabályok végrehajtása és érvényesítése terén igazgatási kapacitásaik fejlesztésére és megerősítésére, valamint a bevált gyakorlatok kölcsönös cseréjének előmozdítása érdekében.
Az Átmeneti Támogatás mind célkitűzései, mind eljárásrendje tekintetében a Phare program intézményfejlesztési fejezete továbbélésének tekinthető.
A támogatás - elvben, - a Csatlakozási Okmányban meghatározott területek mindegyikén felhasználható, de mindenekelőtt azon hiányosságok gyors és célzott fölszámolásához kíván segítséget nyújtani, amelyeket a 2003 novemberében az Európai Bizottság által elkészített Átfogó Monitoring Jelentés tárt fel; ez különösen a következő területeket érinti: 

• bel- és igazságügy (az igazságszolgáltatási rendszer megerősítése, külső határok ellenőrzése, korrupcióellenes stratégia, a bűnüldözési kapacitásaik erősítése);
• pénzügyi ellenőrzés;
• a Közösség pénzügyi érdekeinek védelme és a csalás elleni küzdelem;
• belső piac, a vámuniót is beleértve;
• környezet;
• élelmiszerbiztonsághoz kapcsolódó állat-egészségügyi és igazgatási kapacitások fejlesztése;
• mezőgazdasági és vidékfejlesztési igazgatási és ellenőrzési rendszerek, beleértve az integrált igazgatási és ellenőrzési rendszert (IIER);
• nukleáris biztonság (a nukleáris biztonságért felelős hatóságok eredményességének és szakmai képességeinek, valamint az ezeket támogató műszaki intézményeknek az erősítése, a radioaktívhulladék-gazdálkodásért felelős hatóságok támogatása);
• statisztika;
• a közigazgatás erősítése a Bizottság átfogó jellegű ellenőrző jelentésében megjelölt azokon a szükséges területeken, amelyekre a strukturális alapok támogatásai nem terjednek ki.

Az Átmeneti Támogatásból finanszírozott projektek nem részesülhetnek támogatásban sem az előcsatlakozási (Phare, ISPA, SAPARD), sem a Strukturális és Kohéziós Alapokból, továbbá a Schengen Alapból sem.

Magyarország számára a támogatás összege éves bontásban a következőképpen alakul:

A Phare szabályokhoz hasonlóan a beruházási projektek esetében kötelező a nemzeti társfinanszírozás; és – főszabályként - ezen esetekben a közösségi hozzájárulás nem haladhatja meg a 75%-ot.

A 35,8324 millió eurós EU-s támogatási összeghez a 3 éves nemzeti társfinanszírozás értéke közel 10,5millió euró. (Ez az összeg nem tartalmazza az áfa összegét, amit a projektek teljes költségvetésére a kedvezményezettek kötelesek állni.)

Hasonlóan a csatlakozás utáni PHARE programok megvalósításának irányításához, az Átmeneti Támogatás program is a 2005-ben akkreditált EDIS (kiterjesztett decentralizált megvalósítási rendszer) szabályozása szerint történik.

A 2004. június 22-i Együttműködési Megállapodásban foglaltak szerint a lebonyolításban a programozásért, a program tervezéséért, felügyeletéért és értékeléséért a Nemzeti Segélykoordinátor (a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget felügyelő miniszter), a közbeszerzés, szerződéskötés és kifizetések lebonyolításáért a végrehajtó ügynökség, a projektek műszaki kivitelezéséért, a projektek igazgatási és pénzügyi végrehajtásáért a szakmai programfelelős tisztviselők a felelősek. Ezen kívül átfogó hatáskörrel és felelősséggel bír az átmeneti támogatási pénzeszközök végrehajtását illetően a Nemzeti Programengedélyező, akinek a tisztjét a Pénzügyminisztérium szakállamtitkára tölti be.

A Pénzügyi Javaslatok évenként születtek, és az egyes évek elején lehetőség volt a korábbi indikatív tervezés módosítására.

Az adott évi allokációból finanszírozni kívánt projektek végrehajtása az éves programozás jóváhagyása, és a Bizottsági Határozat (Commission Decision) aláírása után indulhatott.

2004. évi Bizottsági Határozat

2005. évi Bizottsági Határozat

2006. évi Bizottsági Határozat

A 2004. évi allokációból finanszírozott projektek keretében megvalósuló tevékenységek 2007. november 30-ig befejeződtek, számos képzés, tagállami tapasztalatcsere, szoftverfejlesztés és eszközbeszerzés valósult meg.

Menekültek magyarországi integrációjának elősegítése (2004/016-689.03.01 számú Átmeneti Támogatás projekt)

Rövid áttekintés az FVM 2004. évi Átmeneti Támogatásból finanszírozott projektjeiről

Víz Keretirányelv végrehajtásának elősegítése II. fázis (2004/016-689.02.03 számú Átmeneti Támogatás projekt)

Természetvédelmi Információs Rendszer fejlesztése (2004/016-689.02.01 számú Átmeneti Támogatás projekt) 

Az esélyegyenlőségi politikák érvényesítése, valamint az anti-diszkriminációs törvény hatékony végrehajtása (HU2004/IB/SO01-TL számú Átmeneti Támogatás projekt)

A 2005. évi keretből támogatott projektek utolsó szerződéseit 2007. december 15-ig kellett megkötni. 2008. végéig olyan projektek valósultak meg, mint a Bíróképző Iskola megalakítása, A magyarországi élelmiszerbiztonság intézményi kapacitásának erősítése, Az Államháztartási Belső Pénzügyi Ellenőrzési rendszer fejlesztése, illetve a Civil szervezetek és az anti-diszkriminációs törvény végrehajtása".

Az igazságszolgáltatás fenntartható képzési feltételeinek kialakítása a Magyar Bíróképző Akadémia keretében (2005/017-520.02.01 számú Átmeneti Támogatás projekt)

Konferencia a Magyar Bíróképző Akadémián az Átmeneti Támogatás program keretében végzett szakértői együttműködésről (2005/017-520.02.01 számú Átmeneti Támogatás projekt)

Döntés a "Civil szervezetek és az anti-diszkriminációs törvény végrehajtása" című Átmeneti Támogatás program pályázati alapjáról (2005/017-520.03.02)

Az államháztartás belső pénzügyi ellenőrzési rendszere és az ellenőrzési mechanizmusok fejlesztése (Rövid áttekintés a PM 2004. és 2005. évi Átmeneti Támogatásból finanszírozott projektjeiről)

Rövid áttekintés az FVM 2005. évi Átmeneti Támogatásból finanszírozott projektjeiről
 

A 2006-os program szerződéskötési határideje 2008. év vége volt. Ezeket a projekteket 2009. december 15-ig kell megvalósítani. Megtalálható köztük az Ügyfélközpontú elektronikus szolgáltatás a fogyasztóvédelemben; Adóellenőrzések alanyainak hatékony kiválasztása kockázat-elemzésen alapuló módszer alapján.

Ügyfélközpontú elektronikus szolgáltatás a fogyasztóvédelemben (2006/018-176.05.01.02 számú Átmeneti Támogatás projekt)

Rövid áttekintés az APEH 2005. és 2006. évi Átmeneti Támogatásból finanszírozott projektjeiről

Az ellenőrzések dokumentációs informatikai rendszerének fejlesztése (2006/018-176.04.02 számú Átmeneti Támogatás projekt)

Rövid áttekintés a Demokratikus Jogok Fejlesztésért Alapítvány Átmeneti Támogatásból finanszírozott projektjeiről

Rövid áttekintés az FVM 2006. évi Átmeneti Támogatásból finanszírozott projektjeiről

A magyarországi felszíni vizek hidromorfológiai monitoringjának intézményfejlesztése (2006/018-176.02.02 számú Átmeneti Támogatás projekt)

A madárvédelmi (79/409/EGK) és az élőhelyvédelmi (92/43/EGK) irányelveknek megfelelő monitorozás előkészítése (2006/018-176.02.01 számú Átmeneti Támogatás projekt)  

Civil szervezetek és az anti-diszkriminációs törvény végrehajtása Program (Záró kiadvány - 2009)

Intézményfejlesztési Alap

Az acquis communautaire minél hatékonyabb alkalmazása érdekében Magyarország adminisztratív kapacitásának további növelésére van szükség. Ezt segíti elő az Átmeneti Támogatás keretein belül elkülönített Intézményfejlesztési Alap, amelyben a rendelkezésre álló forrás összesen 4,66 millió euró. (2004-ben 2 millió euró, 2005-ben reallokáció után 1,66 millió euró, 2006-ban 1 millió euró) Az Átmeneti Támogatás úgynevezett „nagyprojektjeitől” függetlenül megpályáztatott Intézményfejlesztési Alap programja keretében összesen 29 „kisprojekt” megvalósítására nyílt lehetőség, amelyek a következők:

Intézményfejlesztési Alap programból támogatott projektek listája