A központi intézmények kapacitásának biztosítása a Végrehajtás Operatív Programból, míg a közreműködő szervezetek kapacitásának biztosítása, a monitoring bizottságok szervezése, az éves megvalósítási jelentések és a KÖZOP végrehajtását érintő tanulmányok, elemzések készítése a KÖZOP technikai segítségnyújtás keretéből finanszírozható.

Az NFÜ a KÖZOP közreműködő szervezettel szerződést köt, amelyben a projekt szintű feladatokat (pl. pályázatok formai ellenőrzése és tartalmi értékelése, támogatási szerződések megkötése illetve módosítása, projektek megvalósításának nyomon követése és ellenőrzése, támogatás kifizetése), valamint egyes kommunikációs feladatokat delegál. Az NFÜ a közreműködő szervezetet teljesítménye alapján finanszírozza. A KÖZOP TA keretében az Irányító Hatóságnak és Közreműködő Szervezetnek nem szükséges önrészt biztosítaniuk, a támogatás mértéke megegyezik a projektek teljes elszámolható összköltségével.